为了做好学校“985工程”二期建设启动工作，2005年3月25日下午，学校在科学馆207会议室召开了“985工程”二期建设工作部署会议。学校“985工程”建设领导小组成员，学校各专家辅助决策委员会负责人，学校学术委员会委员、各学院党政主要负责人、相关职能部门负责人，“985工程”科技创新平台和哲学社会科学基地规划方案起草小组成员等参加了会议。会议由蒋庄德副校长主持。会议正式下发了学校“985工程”二期建设管理办法。
郑南宁校长首先就全面启动“985工程”二期建设工作做动员报告。他指出，“985工程”二期建设是我校发展所面临的重要机遇，为学校的改革与发展创造了有利条件，同时也面临着很大的压力。在“985工程”二期建设中，科技创新平台和哲学社会科学创新基地项目将以国家需求为项目建设第一目标的指导思想，做好学科方向的凝炼，加强创新团队和学术环境建设，要突出重点，注重学科交叉和跨领域合作，正确处理好创新平台和基地建设与科研工作的融合，力争在科学研究、人才培养、队伍建设、国际交流等方面取得重大突破。“985工程”二期建设将努力探索和实践管理体制与运行机制创新，与学校的管理体制改革相结合，与国家级和省部级重点科研基地的建设相衔接。各个建设项目要认真总结“985工程”一期建设的经验教训，进一步转变观念，组织好项目建设专家委员会和项目管理办公室，加强项目的质量监控。在做好平台和基地建设的基础上，继续加强学校的教学条件改善、校园网络信息化建设以及图书文献资源建设。切实实施项目的滚动支持，强化绩效评估，为新的跨越式发展做出贡献。
王书记在会上作重要讲话。要求各学院从整体发展的角度出发，结合“985工程”建设项目，认真研究跨院、跨学科的项目管理政策和运行机制创新，理顺管理体制，实现学科交叉和融合。每个平台和基地将留出部分经费作为培植基金，做好人才引进工作，实现项目建设和人才培养的有机结合，保证创新平台和基地的有效运行。同时，各个创新平台和基地建设要与地方经济相结合，真正成为地方经济发展和社会进步的重要支柱，成为国家西部优秀人才和科研高地。
蒋庄德副校长就“985工程”二期启动工作中的具体问题进行了部署。介绍了学校“985工程”建设管理办法和项目专家委员会的产生程序，介绍了学校的“985工程”建设管理规章和有关文件精神。强调学校“985工程”二期建设将与“985工程”一期建设和“211工程”建设有机结合，对前期建设成绩优秀的项目，要持续投入支持。学校将整体规划、统一管理，加强对大型仪器设备共享体系和公房资源的管理，建立科学的动态管理模式，以保障重点建设的需求。并详细介绍了学校“985工程”二期建设启动工作的时间节点。
